有许多自然屏障有助于维持肠道的健康。自然屏障可以防止外来物和微生物侵入血液和通过血液侵入其它内在器官，有助于肠道的完整性。有时由于营养不当或环境不卫生，外来侵袭物的负荷增加时，可以使这些屏障被破坏。有助于维持家禽肠道完整性的自然屏障主要有以下几种。
１、乳酸菌属
乳酸菌的历史非常悠久，一直被认为是非常安全的菌种，是相对具代表性的肠内有益菌。能分泌多种酵素及有机酸，改善肠道内微生态平衡，抑制肠道病菌。
乳酸菌在体内正常发挥代谢活性，就能直接为家禽提供可利用的必需氨基酸（如赖氨酸和蛋氨酸等）和各种维生素（维生素B族和K、H等），还可提高矿物元素的生物学活性，近而达到为家禽提供必需营养物质，增强家禽的营养代谢，直接促其生长的作用。
2酵母菌
酵母菌能产生多种氨基酸、维生素群，促进畜禽生长。富含多种氨基酸、多肽、呈味核苷酸，可赋予禽肉更好的风味，味道鲜美、香气浓郁、肉质醇厚感强。
酵母菌分泌物还有一种很强的抗氧化物，可以保护肝脏，有一定的解毒作用。可以发酵硒、铬、铁等矿物质能抗氧化、抗毒素、预防疾病，并提高产蛋周期和免疫力等。
３、枯草菌属
枯草芽孢杆菌可利用蛋白质、多种糖及淀粉，分解色氨酸，促进肠胃道吸收。
枯草芽孢杆菌菌体自身合成α-淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶等酶类，在消化道中与家禽体内的消化酶类一同发挥作用；能合成维生素B1、B2、B6、烟酸等多种B族维生素，提高家禽体内干扰素和巨噬细胞的活性，提高抗病抗应激能力。
４、放线菌属
放线菌与人类的生产和生活关系极为密切，广泛应用的抗生素约70%是各种放线菌所产生。一些种类的放线菌还能产生各种酶制剂（蛋白酶、淀粉酶、和纤维素酶等）、维生素（B12）和有机酸等，促进家禽生长和抑制病害。
放线菌在家禽肠道中容易吸收和利用的碳源主要是葡萄糖、麦芽糖、淀粉和糊精；氮源以鱼粉、蛋白胨、玉米等，可降低氮排放达到去异味除臭的目的。由于放线菌的次级代谢产物较丰富，多数种类都能产生抗生素，因此对于有害菌具有很好的抑制作用。
